S1000-Nanopore 空間全長轉(zhuǎn)錄組

產(chǎn)品簡介

產(chǎn)品基于百創(chuàng)S1000亞細(xì)胞級(jí)空間轉(zhuǎn)錄組芯片與ONT測序平臺(tái)相結(jié)合，利用ONT平臺(tái)的超長讀長與S1000較傳統(tǒng)平臺(tái)而言更長的Spatial Barcode（70bp），在后續(xù)的數(shù)據(jù)拆分無需依賴NGS的數(shù)據(jù)。除空間位置基因表達(dá)情況外還可以獲得基因結(jié)構(gòu)信息的空間位置。

技術(shù)流程與管理

通過空間轉(zhuǎn)錄組的切片、組織優(yōu)化（摸索最*透化時(shí)間）、基因表達(dá)步驟后。使得每個(gè)mRNA分子帶有Spatial Barcode，在建庫測序時(shí)選擇ONT平臺(tái)進(jìn)行上機(jī)測序。通過后續(xù)的配套分析軟件完成從下機(jī)數(shù)據(jù)到基因表達(dá)矩陣的構(gòu)建。

BMKMANU S1000 Full-length Transcriptome By Nanopore

數(shù)據(jù)展示

TGS（Third-generation sequencing）數(shù)據(jù)

全長數(shù)據(jù)拆分出的Valid Barcode 百分比為73.85%，與二代數(shù)據(jù)（88.85%）相比，差別不大，相對于之前相差幾倍而言這無疑是一個(gè)大的進(jìn)步。數(shù)據(jù)比對到基因組，轉(zhuǎn)錄本，轉(zhuǎn)錄本區(qū)域內(nèi)且擁有完整Barcode的比率分別為95.33%、66.44%、49.55%。

Number of Reads	Number of Base	Reads with Valid Barcode	Bases with Valid Barcodes	N50	Bases Mapped to Transcriptome	Bases Mappedto Transcriptome And with Valid Barcode
105,553,898	70,516,281,320	73.85%（88.85%）	73.42%	740	66.44%	49.55%

相關(guān)性分析與降維聚類

數(shù)據(jù)的相似性與準(zhǔn)確性進(jìn)行了展示與介紹，無論是二代與三代數(shù)據(jù)的UMI/Gene counts per spot的相關(guān)性還是tSEN/U-MAP的降維聚類，都顯示該產(chǎn)品具有非常高的準(zhǔn)確性。這充分說明百創(chuàng)S1000全長轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品完全可以獨(dú)立進(jìn)行數(shù)據(jù)的拆分與挖掘分析，無需依賴NGS數(shù)據(jù)的校正。

可變剪接與基因融合

空間三代全長轉(zhuǎn)錄組可以對結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。在50μm（Level7）分辨率下，對各Culster的可變剪接的事件數(shù)量進(jìn)行了分析。結(jié)果顯示外顯子跳躍的類型最多。除可變剪接外，針對融合基因分析的結(jié)果同樣進(jìn)行了展示。

Level 7（50μm）下各Cluster中預(yù)測的可變剪接事件數(shù)量統(tǒng)計(jì)

Hpf1 基因同源異構(gòu)體表達(dá)熱圖及外顯子使用

融合基因事件