測序結(jié)果中GO和KEGG富集分析所用的指標(biāo)分別是KS和Q-value，一般文獻用的都是p value<0.05，我想問一下KS和Q-value要分別設(shè)置為多少？有沒有其他測序的文章用這兩個指標(biāo)。

答：Go富集我們使用的是Blast2GO R包;KEGG是我們根據(jù)fisher檢驗算法自己編寫的程序。

KS<0.05,這個值和p-value的意義相同，是TopGO軟件包中的一個檢驗方法。

Q-value<0.01，這個值是對p-value值的一個校正，和FDR概念相似，是fisher檢驗中的一個檢驗方法。

測序文章一般不用這兩個指標(biāo)，涉及到算法的文獻中才有。