作物數(shù)據(jù)庫(kù)作為農(nóng)業(yè)科研領(lǐng)域的核心基礎(chǔ)設(shè)施，通過(guò)系統(tǒng)化整合遺傳、基因組、表型等多維數(shù)據(jù)形成資源庫(kù)，為農(nóng)業(yè)科研、遺傳資源保護(hù)、分子育種加速、表型 – 基因型關(guān)聯(lián)分析等研究提供了關(guān)鍵支撐。本文聚焦水稻、小麥、玉米、大豆四大作物，梳理其核心遺傳與基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，旨在為農(nóng)業(yè)科研工作者提供全面的數(shù)據(jù)資源參考。
水稻數(shù)據(jù)庫(kù)
☆?國(guó)家水稻數(shù)據(jù)中心：提供水稻優(yōu)異品種、突變體、分子標(biāo)記、基因、QTL、品種、系譜等信息，以及水稻期刊、軟件服務(wù)等資源。
☆?水稻基因組注釋項(xiàng)目數(shù)據(jù)庫(kù)RGAP與水稻注釋計(jì)劃RAP：旨在提供水稻日本晴基因組的序列和注釋數(shù)據(jù)。該網(wǎng)站提供基因組序列和12條水稻染色體的注釋?zhuān)虻姆植迹蛘吒鶕?jù)基因名稱(chēng)查找基因的功能和序列、下載數(shù)據(jù)或使用blast搜索同源基因。
☆?水稻基因組變異及其功能注釋的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)RiceVarMap v2.0：提供了來(lái)自4,726個(gè)水稻種質(zhì)的測(cè)序數(shù)據(jù)中的17,397,026個(gè)基因組變異（包括14,541,446個(gè)SNP和2,855,580個(gè)小?INDEL）的精選信息，高質(zhì)量和完整的基因型數(shù)據(jù)，變異的全面注釋?zhuān)硇蛿?shù)據(jù)和?GWAS?結(jié)果，對(duì)功能基因定位，標(biāo)記開(kāi)發(fā)的客戶(hù)非常友好。
☆?水稻功能基因組育種數(shù)據(jù)庫(kù)RFGB（v2.0）：該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了3024份水稻種質(zhì)資源的18M SNP、2.3M InDel、IRGSP所有基因單倍型和12種表型數(shù)據(jù)，具有基因檢索、基因組變異可視化瀏覽、BLAST等功能，將表型數(shù)據(jù)和單倍型數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，為挖掘基因有利單倍型提供數(shù)據(jù)支持。
☆?Oryzabase是一個(gè)綜合性水稻科學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，包含大量水稻品系庫(kù)存信息，突變體信息，染色體圖譜，基因字典，水稻科學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)。OryzaGenome是野生Oryza物種的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，為水稻研究提供了比較和進(jìn)化的組學(xué)方法。
☆?水稻基因索引數(shù)據(jù)庫(kù)RGI：在這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)里，亞洲稻的每一個(gè)基因都能輕松找到同源或相近的基因，以及追蹤其演變歷史。
☆水稻功能基因組表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)RiceGE
☆?水稻基因表達(dá)庫(kù)RED：是一個(gè)基因表達(dá)譜存儲(chǔ)庫(kù)，對(duì)跨越整個(gè)水稻生長(zhǎng)階段的組織進(jìn)行?RNA-Seq?數(shù)據(jù)分析，涵蓋各種生物和非生物處理。
☆?水稻表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)RiceXPro：針對(duì)水稻植物在自然田間條件下的整個(gè)生長(zhǎng)過(guò)程、用各種植物激素處理的水稻幼苗以及通過(guò)激光顯微切割（LMD） 分離的特定細(xì)胞類(lèi)型/組織，使用微陣列技術(shù)進(jìn)行水稻轉(zhuǎn)錄組分析，旨在表征水稻中所有預(yù)測(cè)基因的表達(dá)譜。
☆?水稻多元表觀(guān)基因組數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)RiceENCODE：該數(shù)據(jù)庫(kù)收集了包括ChIP-seq，ATAC-seq, MNase-seq, FAIRE-seq, BS-seq, RNA-seq, ncRNA-seq, Hi-C和ChIA-PET?等水稻高通量數(shù)據(jù)，可查詢(xún)不同品種、不同組織、不同染色體區(qū)段交互信息，兩兩基因之間交互網(wǎng)絡(luò)等。
小麥數(shù)據(jù)庫(kù)
☆?小麥基因組信息數(shù)據(jù)庫(kù)：由國(guó)際小麥基因組測(cè)序聯(lián)盟維護(hù)（IWGSC），可查找參考基因組序列、基因，BLAST，批量注釋等多個(gè)功能，可幫助科研工作者加速開(kāi)發(fā)改良品種，為小麥基礎(chǔ)應(yīng)用科學(xué)提供支持。
☆?小麥組學(xué)數(shù)據(jù)在線(xiàn)平臺(tái)WheatOmic：實(shí)現(xiàn)了對(duì)多套麥族物種基因組、轉(zhuǎn)錄組、變異組、突變體庫(kù)外顯子組、表觀(guān)修飾組等大數(shù)據(jù)的可視化，并具有擬南芥/水稻-小麥同源基因鑒定、基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、蛋白互作、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)分析等多個(gè)分析工具。
☆?小麥族同源基因數(shù)據(jù)庫(kù)TriticeaeGeneTribe：利用小麥族物種中已發(fā)表的基因組，對(duì)不同參考基因組間同源基因鑒定，構(gòu)建了小麥族同源基因數(shù)據(jù)庫(kù)。同時(shí)，數(shù)據(jù)庫(kù)具有基因功能查詢(xún)，GO富集分析，同源基因查詢(xún)，基因組區(qū)間共線(xiàn)性分析等功能。
☆?小麥蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)
☆?小麥及其祖先的基因組變異數(shù)據(jù)庫(kù)：適用于多套小麥及祖先種變異數(shù)據(jù)集的查詢(xún)，可對(duì)大規(guī)模樣本的VCF文件實(shí)現(xiàn)在線(xiàn)的快速檢索和分析可視化。
☆?小麥基因組變異與選擇信號(hào)數(shù)據(jù)庫(kù)WGVD：匯總了從968個(gè)面包小麥及其祖先中收集到的SNPs、indels，以及基于93個(gè)小麥全基因組重測(cè)數(shù)據(jù)的SNPs評(píng)估的小麥馴化和改良過(guò)程中的選擇特征。數(shù)據(jù)庫(kù)主要提供變異、基因組選擇信號(hào)搜索、基因組瀏覽和比對(duì)功能。
☆?小麥WheatCNVb數(shù)據(jù)庫(kù)：基于小麥CNVb新型分子標(biāo)記系統(tǒng)，支持查詢(xún)小麥種質(zhì)資源的CNVb標(biāo)記，可視化CNVb指紋，并進(jìn)行基于CNVb指紋的品種比較。
☆?利用整合基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)探索小麥功能基因的交互式平臺(tái)wGRN：提供了基因調(diào)控查詢(xún)、功能基因預(yù)測(cè)和QTG挖掘等十余個(gè)功能模塊，建立了小麥整合基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，實(shí)現(xiàn)了可持續(xù)整合大規(guī)模調(diào)控?cái)?shù)據(jù)集的網(wǎng)絡(luò)化研究框架。
☆?異源六倍體小麥及其祖先的比較共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析數(shù)據(jù)庫(kù)WheatCENet：集成了功能注釋?zhuān)鞍踪|(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用、miRNAs，GO注釋、GSEA等工具能夠搜索和比較特定的功能共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，識(shí)別其中聚集的基因的相關(guān)功能。
☆?小麥種質(zhì)資源血緣區(qū)間比較數(shù)據(jù)庫(kù)WheatCompDB：主要針對(duì)數(shù)據(jù)集中任意兩個(gè)樣本間的種質(zhì)資源血緣區(qū)間比較分析，支持基因組水平、染色體水平和局部區(qū)間水平下種質(zhì)資源網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和挖掘。
玉米數(shù)據(jù)庫(kù)
☆?玉米基因組和遺傳分析平臺(tái)：數(shù)據(jù)庫(kù)包含了玉米的基因組序列、基因注釋、遺傳圖譜、突變體信息、表達(dá)數(shù)據(jù)、相關(guān)的文獻(xiàn)和研究工具。旨在支持玉米遺傳學(xué)和基因組學(xué)的研究，為科研工作者提供訪(fǎng)問(wèn)和分析玉米的遺傳和基因組數(shù)據(jù)的平臺(tái)。
☆?玉米及其野生近緣種的基因組工程資源庫(kù)：包括玉米及其野生親屬禾本科的復(fù)雜性狀，稀有遺傳變異如何影響整體植物功能。
☆?玉米多組學(xué)基因網(wǎng)絡(luò)分析平臺(tái)：整合了701個(gè)轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)和108個(gè)表觀(guān)基因組數(shù)據(jù)，并研究了具有多維組學(xué)水平的不同條件網(wǎng)絡(luò)。MCENet?還提供?5?個(gè)網(wǎng)絡(luò)訪(fǎng)問(wèn)分析工具包（即?Network Search、Network Remodel、Module Finder、Network Comparison?和?Dynamic Expression View）和多個(gè)網(wǎng)絡(luò)功能支持工具包。
☆?適應(yīng)玉米多組學(xué)時(shí)代的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)：整合了來(lái)自于同一玉米群體的基因組、轉(zhuǎn)錄組、表型組、代謝組、表觀(guān)基因組、遺傳變異以及遺傳定位結(jié)果等多組學(xué)數(shù)據(jù)，同時(shí)收錄了多個(gè)玉米基因組，可以進(jìn)行比較基因組、共線(xiàn)性分析、表達(dá)聚類(lèi)、遺傳變異基因分型、連鎖圖譜、定位結(jié)果、組蛋白修飾以及甲基化等多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索和分析，實(shí)現(xiàn)在不同組學(xué)數(shù)據(jù)之間進(jìn)行跳轉(zhuǎn)。
☆?擬南芥和玉米蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)：為通過(guò)實(shí)驗(yàn)鑒定擬南芥和玉米中的蛋白質(zhì)提供了集成資源。內(nèi)部BLAST比對(duì)鏈接玉米和擬南芥信息，實(shí)驗(yàn)鑒定基于細(xì)胞類(lèi)型特異性蛋白質(zhì)組或特定亞細(xì)胞蛋白質(zhì)組（例如葉綠體，類(lèi)囊體，核苷）和總?cè)~蛋白質(zhì)組樣品的內(nèi)部質(zhì)譜（MS）。
☆?利用玉米單倍型標(biāo)簽多態(tài)性分析工具：HTP數(shù)據(jù)庫(kù)（HTPdb）：該數(shù)據(jù)庫(kù)覆蓋了育種中常用的3,587個(gè)重要玉米自交系，其中包括172,921個(gè)非冗余的HTP等位基因變異，提供了豐富的單倍型標(biāo)簽資源。同時(shí)，基于HTP標(biāo)記的特點(diǎn)，研究人員在HTPTools中集成了智能區(qū)塊數(shù)據(jù)填充算法，當(dāng)僅需獲取少量HTP標(biāo)記的基因型時(shí)，可以通過(guò)該功能快速地獲取對(duì)應(yīng)區(qū)塊的完整數(shù)據(jù)。
☆?玉米網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)MaizeNetome：其中包含從基因組到轉(zhuǎn)錄組、翻譯組和蛋白質(zhì)組的整個(gè)遺傳傳遞。多組學(xué)整合網(wǎng)絡(luò)圖譜通過(guò)ChIA-PET整合基因組相互作用，包括跨根、葉、穗、?SAM和其它31個(gè)組織或發(fā)育階段mRNA-seq、circRNA-seq?的轉(zhuǎn)錄組共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，跨?21?個(gè)不同組織/階段Ribo-seq?數(shù)據(jù)，?B73?材料8?個(gè)不同組織的酵母雜交蛋數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)庫(kù)可以幫助輔助QTL定位，并系統(tǒng)剖析農(nóng)藝性狀的可能分子機(jī)制，為快速基因克隆和高效的網(wǎng)絡(luò)分析鋪平道路。
☆?全基因組范圍的玉米基因輔助功能網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)MaizeNet：是通過(guò)集成?21?個(gè)組件網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的，其中每個(gè)網(wǎng)絡(luò)都是從不同的組學(xué)數(shù)據(jù)中推斷出來(lái)的。 通過(guò)整合異構(gòu)數(shù)據(jù)，MaizeNet?提供了玉米遺傳結(jié)構(gòu)的全面視圖，為特定生物過(guò)程確定候選基因的優(yōu)先級(jí)?？梢岳?MaizeNet?中實(shí)現(xiàn)的優(yōu)先級(jí)服務(wù)來(lái)生成新的功能假設(shè)，縮小候選基因的范圍，并確定該功能的新基因。
☆?中國(guó)玉米品種系譜數(shù)據(jù)庫(kù)：收錄自交系及品種信息10000余條，涉及自交系1218個(gè)，雜交種7823個(gè)。該數(shù)據(jù)庫(kù)實(shí)現(xiàn)了品種信息檢索、系譜追溯、子代查詢(xún)、定制化查詢(xún)、用戶(hù)上傳及糾錯(cuò)系譜信息等功能，便于中國(guó)玉米育種家及科研工作者快捷查詢(xún)玉米自交系及品種的信息及系譜關(guān)系。
大豆數(shù)據(jù)庫(kù)
☆?水稻、小麥和大豆的分子育種資源庫(kù)：這是一個(gè)集成數(shù)據(jù)庫(kù)，收集了群體測(cè)序、種質(zhì)資源、表型和各種基因組數(shù)據(jù)。
☆?大豆基因組學(xué)和分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)：為大豆研究者提供了大量的數(shù)據(jù)和工具，以支持大豆的遺傳學(xué)、基因組學(xué)和育種研究。用戶(hù)可以通過(guò)SoyBase查找大豆的基因組信息、遺傳資源、表型數(shù)據(jù)等，并利用其中的分析工具進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘和可視化。
☆?大豆種質(zhì)資源組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)：用戶(hù)可提供離散值的表型數(shù)據(jù)來(lái)幫助用戶(hù)識(shí)別用于育種或遺傳研究的“有用”種質(zhì)資源，實(shí)現(xiàn)了2K-SG的33個(gè)數(shù)量性狀與9個(gè)質(zhì)量性狀的共享；用戶(hù)可以利用SoyFGB或未公開(kāi)表型數(shù)據(jù)來(lái)實(shí)現(xiàn)表型和單倍型變異的相關(guān)性在不同基因組分辨率下的在線(xiàn)解析；獲得基因組作圖定位與表型性狀相關(guān)區(qū)域，使用?“搜索”和“瀏覽”模塊，用戶(hù)可以獲取2K-SG?的基因組變異，用于實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。
☆?大豆多組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)SoyMD：共提供了8個(gè)組學(xué)模塊以方便用戶(hù)瀏覽和分析多組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀(guān)基因組、表型組、變異組、工具、下載和幫助模塊。
☆?大豆多組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)SoyOmics：從基因組、變異組、轉(zhuǎn)錄組、表型組等不同層面整合了大豆相關(guān)數(shù)據(jù)集，實(shí)現(xiàn)了不同層次組學(xué)數(shù)據(jù)的交互查詢(xún)和聯(lián)合比較分析。數(shù)據(jù)庫(kù)目前收錄了多個(gè)大豆品系的基因組組裝，注釋數(shù)據(jù)，以高質(zhì)量的ZH13作為參考基因組，對(duì)2898份材料的全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行了全基因組序列變異檢測(cè)，鑒定到約3800萬(wàn)條SNP/INDEL變異數(shù)據(jù)，提供了來(lái)自大豆泛基因組分析的約55萬(wàn)條結(jié)構(gòu)變異數(shù)據(jù)以及基于結(jié)構(gòu)變異構(gòu)建的圖泛基因組。收錄了多個(gè)品系不同組織時(shí)期的表達(dá)數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)庫(kù)針對(duì)115個(gè)表型多年多點(diǎn)測(cè)定的約2.7萬(wàn)條表型記錄進(jìn)行了本體注釋和歸類(lèi)，并將表型數(shù)據(jù)與變異數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)。除以上組學(xué)數(shù)據(jù)外，數(shù)據(jù)庫(kù)同時(shí)提供了甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)，Soy40K大豆芯片數(shù)據(jù)。
☆?Soybean Expression Atlas的升級(jí)版本其中包含?5481?個(gè)公開(kāi)可用的?RNA-seq?樣本的轉(zhuǎn)錄本和基因級(jí)轉(zhuǎn)錄本豐度矩陣。
☆?iSoybean：收集了EMS誘變的大豆突變種群，并利用全基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)1,044個(gè)突變系中的變異進(jìn)行了詳細(xì)表征。該網(wǎng)站致力于提供關(guān)于大豆突變體的詳盡信息，并通過(guò)種子庫(kù)分發(fā)這些突變體，促進(jìn)其在功能基因組學(xué)研究領(lǐng)域的快速應(yīng)用。
☆?SoyDNGP：構(gòu)建了一個(gè)基于預(yù)測(cè)模型SoyDNGP的大豆表型預(yù)測(cè)平臺(tái)，為基于基因變異的作物表型預(yù)測(cè)研究提供了創(chuàng)新的工具和方法。
百邁客生物深耕物種多組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)，已為眾多科研機(jī)構(gòu)與高校提供從數(shù)據(jù)存儲(chǔ)到分析挖掘的全流程解決方案，已成功應(yīng)用，取得了顯著的研究成果。無(wú)論是物種保護(hù)、生態(tài)監(jiān)測(cè)還是遺傳育種，我們的數(shù)據(jù)庫(kù)都為其提供了強(qiáng)有力的數(shù)據(jù)支持，助力科研人員攻克一個(gè)又一個(gè)科學(xué)難題。
部分合作案例
百邁客生物致力于為您提供最準(zhǔn)確、最全面的作物數(shù)據(jù)，將持續(xù)更新作物育種動(dòng)態(tài)、種植技術(shù)及市場(chǎng)資訊，歡迎科研工作者提出數(shù)據(jù)需求與合作建議，共同推動(dòng)農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新。
京公網(wǎng)安備 11011302003368號(hào)